إلّابعد خمس وعشرين سنة حيث أقبل الناس عليه يطلبون منه بإصرار أن يأخذ بزمام الأمر ويمارس مهمة القيادة والزّعامة ، فقبل بذلك ولمّا أراد أن يمارس الحكم ويطبق أحكام الإسلام بعدالة ، وقف في وجهه فئات لم ترقهم العدالة ، وأثاروا في وجهه حروباً عديدةً ذهب ضحيتها أناس كثيرون ، ولكن رغم كلّ هذه العراقيل التي أثيرت في وجه الإمام علي ( ع ) إلّا أنه استطاع في مدّة قليلة أن يسجل صفحات مشرقة وساطعة في مجال تحقيق العدالة في القضاء والحكم وتقسيم الثروة والإدارة الصحيحة لشؤون البلاد والعباد . وقد ضُرب بالسيف على رأسه ليلة التاسع عشر من شهر رمضان عام أربعين من الهجرة ، عند أدائه لصلاة الفجر في محراب مسجد الكوفة بالعراق ، على يد عبد الرحمن بن ملجم المرادي الخارجي ، وحظّي بالشهادة في اليوم الحادي والعشرين من شهر رمضان من نفس العام ودُفن في ظهر الكوفة ( النجف حالياً ) حيث مرقده الآن .